Man war sich einig: Die Strecke wäre in einem Flugzeug eindeutig einfacher, sicherer, bequemer, schneller zu bewältigen. Die Idee der Missionsfliegerei war geboren und die MAF zwei Jahre später als Organisation formell ins Leben gerufen.
Anfangs 1946 wurde das erste Flugzeug gekauft, eine Waco- Doppeldecker mit 220PS-Motor von Continental. Ironischerweise war es eine Frau – Betty Green - die als erster MAF-Pilot in Mexiko zum Einsatz kam. Mit dem Tod von MAF- Pilot Nate Saint, der zusammen mit vier anderen Missionaren von den Auca- Indianern in Equador ermordet wurde, kam die Missionsfliegerei 1954 für einige Zeit in die Schlagzeilen der Weltpresse. Das Interesse von vielen jungen Aviatoren, die ihre Passion für die Fliegerei mit ihrem Glauben an Jesus Christus zu verbinden suchten, war geweckt. Ein bedeutendes Wachstum in der Missionsarbeit und damit auch in der MAF war die Folge.